Perpustakaan SMA Negeri 3 Yogyakarta mempergunakan program aplikasi Senayan SLimS. Program ini memiliki berbagai kelebihan diantaranya sistem katalogisasi, visitor, sirkulasi, administrasi, dan inventarisasi yang terpusat pada komputer server.
Program aplikasi ini sangat menunjang kinerja petugas perpustakaan sebagai SDM yang diberikan tanggungjawab dan wewenang untuk mengelola perpustakaan. Bagi pustakawan program ini memiliki keunggulan Efisiensi kinerja, Efisiensi waktu, Praktis, Modern, Mudah dalam pengoperasian.